Đến cuối năm 2022, diện tích nuôi trồng thủy sản của Bến Tre là 47.590ha; tổng sản lượng nuôi trồng đạt 310.015 tấn.
Các đối tượng nuôi chủ lực gồm tôm nước lợ 83.100 tấn, nhuyễn thể 14.900 tấn trên 90% sản lượng nuôi có giá trị kinh tế cao phục vụ chế biến xuất khẩu. Bến Tre có 13 nhà máy chế biến thủy sản xuất khẩu với công suất thiết kế hơn 150.000 tấn. Sản lượng xuất khẩu thủy sản năm 2022 tăng 14,02%. Hiện Bến Tre đang kêu gọi đầu tư nhà máy chế biến tôm để chế biến các sản phẩm tôm nguyên liệu của tỉnh.
Tỉnh đã xác định thủy sản là một trong hai ngành kinh tế mũi nhọn của tỉnh. Hiện Bến Tre tập trung vào đối tượng nuôi chủ lực là tôm thẻ chân trắng, tôm sú và tôm càng xanh. Ngoài ra, Bến Tre còn phát triển một số đối tượng nuôi khác như cá chẽm, cá điêu hồng, cá rô phi quà, cua biển, sò huyết. Trong cơ cấu nuôi trồng thủy sản, nuôi tôm nước lợ chiếm khoảng 76% vào năm 2022 với 36.300 ha nuôi. Trong đó, diện tích nuôi tôm thâm canh, bán thâm canh luân canh là 12.500 ha (tôm sú gần 500 ha, tôm thẻ chân trắng hơn 12.000 ha), còn lại khoảng 24.000 ha là diện tích nuôi tôm lúa, chăn nuôi quảng canh, xen canh rừng.
Năng suất nuôi tôm nước lợ thâm canh, bán thâm canh ngày càng được nâng cao như tôm thẻ chân trắng từ 12 - 15 tấn/ha, tôm sú từ 6 - 8 tấn/ha; nuôi quảng canh, tôm lúa, tôm rừng đạt 250 kg/ha. Giá trị ngành tôm nước lợ của Bến Tre chiếm 53% tổng giá trị ngành nuôi trồng thủy sản. Theo Chi cục Thủy sản, giá trị ngành tôm biển chiếm 6.321/11.931 tỷ đồng.
Những năm gần đây, mô hình nuôi tôm ứng dụng công nghệ cao (Computer Numerical Control (CNC)) được đánh giá có hiệu quả cao. Một trong những mốc đánh dấu sự phát triển của nghề nuôi tôm nước lợ là sự chuyển đổi nhanh chóng từ nuôi bán thâm canh, thâm canh truyền thống sang nuôi tôm ứng dụng CNC tại 3 huyện gồm Ba Tri, Bình Đại và Thạnh Phú.
Với diện tích ban đầu là 550ha trong năm 2018, Bến Tre đã nâng diện tích nuôi lên 2.567ha vào cuối năm 2022. Năng suất bình quân từ 60-70 tấn/ha mặt nước, lợi nhuận bình quân từ 700-800 triệu đồng /vụ, mang lại hiệu quả kinh tế cao cho người nông dân. Sản lượng nuôi tôm CNC đạt 42.000 tấn, chiếm 50% tổng sản lượng nuôi tôm nước lợ của tỉnh. Ưu điểm của mô hình này là đầu tư khép kín, cách ly môi trường dịch bệnh giai đoạn đầu, nuôi mật độ cao, quản lý tốt thức ăn và môi trường, nâng cao tỷ lệ sống, tôm nuôi lớn, có điều kiện tăng năng suất, sản lượng trên đơn vị diện tích và đặc biệt dễ dàng hơn để xử lý chất thải.